新幹線・特急・急行にも指定席券はありますが、ここでは特に全車指定席となる「ムーンライトながら」や「ムーンライトえちご」などの夜行快速にスポットを当ててご紹介いたします。但し、特急や急行の指定席（新幹線は除く）についても特急券・急行券を購入する必要がある以外は同じとお考え下さい。
指定席料金は特急・急行に関係なく通常は510円です。大抵特急・急行などの場合は特急券や急行券とセットで購入しなければならないので意外に知らない方が多いようですが、結構値段が安いので取りにくい人気列車は先に指定席券のみ抑えておくと良いかもしれません。指定席券を払い戻すには手数料320円をとられますが、510円以外の日では払い戻ししてもお金が戻ってこない為、キャンセル待ちは全く期待できません。
それから日付は乗車駅の出発時刻の日付が基準となりますので夜行列車などで途中日付が変わってから乗車する場合は注意が必要です。
また、料金も乗車する駅の出発時刻の日付が基準となります。例えば、8/31に東京を出発する下りムーンライトながらでは、東京−小田原の指定席料金は510円ですが、日付が変わり9/1（平日）の横浜−小田原の指定席料金は310円となります。
| 地域 | 期間 | 料金 |
| 本州・四国内 | 1/16〜2月末日、6/1〜6/30、9/1〜9/30、11/1〜12/20の 各期間の月〜木曜日 （祝日・祝日の前日・振替休日は除く） |
310円 |
| 上記以外の日 | 510円 | |
| 北海道 九州 |
通年 | 300円 |
指定席券の発売期間は乗車日の１ヶ月前の午前10時からその列車が発車する時刻までです。夜行列車についてはその列車が始発駅を発車する日付の１ヶ月前です。（上記のような夜行列車で日付が変わってから乗車する場合は１ヶ月１日前に購入が可能なわけですね）１ヶ月前が無い3/29、30、/31と5/31、7/31、10/31、12/31の分は一日繰り下がってその月の１日に発売されます。青春18きっぷが使用できる期間に人気列車（特に「ムーンライトながら」）に乗車を予定する場合は１ヶ月前の朝10時に申し込まないと発売当日に満席なんてこともあります。超多客期には昼前に満席も・・・早めに抑えておきましょう。
また、学校・会社などで発売開始時に指定席券が購入できない方の為に、大きな駅では事前予約をしてくれるところもあるそうです。指定券購入希望用紙を渡しておけば、先着順で午前10時から検索してくれて、学校や会社の帰りなどに受け取るということも出来たりしますが、これは駅によって異なります問い合わせてみましょう。
指定席券を入手し、旅程の変更などで列車や日付を変更したい場合、みどりの窓口で１回限りですが無料で変更することができます。変更したい列車に空席があれば「乗変」と書かれたきっぷを発券してくれます。これは購入した駅でなくても可能です。例えば快速列車から特急列車にも変更できますが、差額（特急料金）は支払うことになります。但し２回目の場合は一旦指定席券を払い戻す（取り消し手数料が発生する）ことになります。
夜行列車は、金・土・祝日前日発の特に下りが混雑します。飛び石や通常の連休が重なったりすると尚更で、このような日に乗車予定の方はなるべく早く指定席を入手しないと発売当日満席の憂き目にあいます。しかし出発日の２〜３日程前からキャンセルが出始めることがあります。特に夜行快速列車などは当日キャンセルも多いようです。「ムーンライトながら」でも当日入手出来るケースがあるようですので直前までねばってみましょう。