■山口への藩庁（政事堂）移転
文久3年1月、藩主敬親は世子定広に後事を託して退京・帰国した。4月、藩庁を、萩から、地政学上、攘夷等有事の指揮により適している山口に移した。移転は幕府の許可を得ぬままに行った。

■賀茂・石清水行幸と攘夷期限確定
京都に残った長州勢は、攘夷奉勅のための将軍上洛を前にして、攘夷の機運をさらに高めようと、活発に動いた。2月11日、久坂らは鷹司関白邸に押しかけてに言路洞開・人材登用・攘夷期限決定の三策を強請した。彼らに呼応して急進派公卿が関白邸に群参し、直に請願を受け入れて天皇に奏上せよと圧力をかけた。 請願は勅許され、その日のうちに勅使8名が後見職一橋慶喜の宿舎を訪問し、攘夷期限決定を迫った。慶喜は、将軍滞京は10日限りで攘夷は将軍帰府後20日以内の見込（4月中旬）と約束した。13日には朝廷に新たに国事参政・寄人が設置されて、定員14名中13名に長州系の急進派が任命された（人材登用）、次いで20日、学習院における草莽の建言が許された（言路洞開）。また、長州藩は、2月20日及び28日に、攘夷親征を念頭においた賀茂・石清水両社への行幸を建議した（こちら）。

3月4日に将軍が上洛すると、長州藩の建議どおり、賀茂行幸、石清水行幸が相次いで実行された。次いで4月16日、長州藩は攘夷期限確定を朝廷に建言した（当初、幕府は期限を4月中旬としていたが、その後、23日に延期していた）。朝廷に攘夷期限の確定を迫られた幕府は、4月20日、ついに、期限を5月１0日とすることを全国に布告した（こちら）。翌21日、世子定広は、国許の防衛に専念するために京都を出立し、帰国の途についた。久坂ら藩士の他、諸国の急進派浪士も長州に下った。

■下関における攘夷実行、砲術教授中島名左衛門暗殺、奇兵隊創設
幕府が約束した攘夷は鎖港攘夷だったが、長州を筆頭とする尊攘急進派の望む攘夷は外国船打ち払い（無二念打ち払い）だった。攘夷期限当日（5月10日）、長州藩（久坂の率いる光明寺党）は、たまたま関門海峡を通過した米国商船に砲撃をしかけ、さらに23日に仏国軍艦、26日に蘭国船を砲撃した。不意をつかれた外国船は敗走した。

勝利に沸く長州藩は、29日、世子定広臨席の下、戦術会議を開いた。会議で、砲術教授中島名左衛門は技術の未熟さと軍律の不完全さを指摘し、軍規の確立と実弾による射撃訓練の必要性を主張して、光明寺党らの激しい反駁を受けた。中島が黙り込んだので場は収まったが、その夜、中島は何者かに暗殺されてしまった（こちら）（光明寺党の仕業だといわれている）。

長州藩は、その2日後の6月1日には米国軍艦、5日には仏国軍艦の報復を受け、惨敗した。下関防御に高杉が起用され、その発案により、様々な階級出身の有志による戦闘部隊・奇兵隊が創設された。初代総督には高杉が就任した。（その後、長州藩においては有志による諸隊が続々と結成された）

■長州ファイブの密航
長州藩は、破約攘夷を主唱して過激な行動をとる一方で、裏では、将来的な開国・貿易に備えて、藩士3名(井上聞多（馨）、遠藤謹助、山尾庸三)に洋行を命じていた。後から合流した伊藤俊輔（博文）、野村弥吉（井上勝）を含めた5名は、5月12日、国禁を犯して密かに英国商船で横浜を出航し、上海経由で英国に向かった（11月着）。

■小倉藩侵攻
6月18日、長州藩は外国船砲撃に対岸の小倉藩が応援しなかったのを罪として、関門警備を理由に同藩に侵攻し、田の浦を占領して砲台を築いた（こちら）。

■幕府の長州訊問使中根一之丞暗殺（朝陽丸事件）
幕府は、7月9日、長州に外国船打ち払いを改めて厳命すると（こちら）、15日、外国船攻撃及び小倉藩侵攻を詰問するため、訊問使中根一之丞を長州に派遣した。長州藩（奇兵隊）は、一行の乗ってきた朝陽丸を借用と称して武装占拠した。さらに、19日には、役目を果たして朝陽丸の回航を待つ一行を刺客が襲って副使鈴木八五郎と従者を殺害し、鈴木を梟首した。危険を感じた中根は、20日夜、長州藩の調達した船に乗って東帰の途についたが、21日、刺客は海上を追跡し、船に乗り込んで中根を殺害した（こちら）。

【関連：開国開城「賀茂・石清水行幸と長州藩の攘夷戦争」）

■大和行幸（攘夷親征）の詔
朝廷は（尊攘急進派の主張により）下関における攘夷実行を賞賛し、京都における長州の声望は高まった。急進派の間では攘夷親征（→討幕）論が一層盛んとなり、7月、藩主敬親は家老益田右衛門介・根来上総を上京させ、攘夷親征を建議させた（こちら）。その結果、8月13日、攘夷親征を念頭においた大和行幸の詔が下され（こちら）、同時に長州藩主父子どちらかの上京が命じられた。

ところが、実は、大和行幸の詔は、孝明天皇の関知しない偽勅だった。天皇は、攘夷には熱心だったが、公武一和を支持しており、三条実美ら急進的な公卿が主張する無謀な攘夷（外国船打ち払い）や親征には反対だった。

■禁門の政変（8.18の政変）
孝明天皇は、かねてから、自分の意が貫徹しない朝廷の状況に不満を感じており、5月末には久光に上京して「姦人を掃除」せよとの密勅を下し、7月12日には終に久光に公の召命を下した（こちら）が、朝議で撤回させられて激怒していた（こちら）。その後、親征反対・久光召命派の公卿を威嚇するための天誅・脅迫が頻発する中、天覧馬揃えで軍事力をアピールした会津藩に対し、天皇は深く頼もしく思うと密かに伝えていた（こちら）。

在京公武合体派の会津（守護職）・薩摩・中川宮は大和行幸の詔が下りると、即座に提携し、8月18日、孝明天皇の了解の下、電撃的に政変を起こした（こちら）。その結果、長州・急進派勢力は一掃され、公武合体派が朝廷を掌握した。急進派公卿の言動は「叡慮を矯むること容易ならざる次第」であったと批判され、都落ちした三条実美ら七卿の官位は停止され、残留者の更迭や処罰が行われた（こちら）。長州藩に対しては、藩主父子取調べ、九門内の藩士往来禁止、藩主父子の上京禁止、留守居・添役以外の藩士帰国が命じられた（こちら）。代わって、後見職一橋慶喜や島津久光、松平春嶽・伊達宗城・山内容堂ら公武合体派の有力諸候が朝命を受けて続々と上京した。彼らは参豫に任じられて、翌元治1年１〜3月にかけて朝議に参加して国事を協議した（朝廷参豫会議）。

【関連：開国開城「大和行幸計画と禁門（8.18）の政変」「参豫会議の誕生・将軍再上洛と公武合体体制の成立」

■長州藩の雪冤運動
政変後、長州藩は失地回復を求めて雪冤運動を開始した。8月23日（中根殺害2日後）、政変の報を請けると、取り急ぎ、無罪を訴える嘆願書を家老根来上総に授けて京都に派遣した（入京・嘆願を許されず、10月23日帰国）。今後の方針については、恭順論を主張する保守・穏健派と進発・東上論（武力をもって訴える）を唱える急進・主戦派とが対立したが、9月に入って内訌が起り（下記）、藩論は急進・主戦派に統一された。

9月17日、長州藩は世子定広の武装上京を決定し、10月1日、藩内に「朝政回復」のために「君側の姦」を除くことを藩士に達した(こちら）。一方、中央工作も怠らず、世子上京に先立って藩主父子の「赤誠」を朝廷に達するために、家老井原主計に新たな嘆願書（「奉勅始末」）を授けて西上させた。井原は伏見に入り、入京を嘆願したが、朝廷はこれを許さず、代わりに12月、使者を伏見に派遣して井原の口上を聴取させた（こちら）。翌元治1年1月21日、終に井原は入京を断念して下坂した。

■文久の内訌（周布派の勝利）
保守派（坪井・椋梨派）重臣の椋梨藤太・三宅忠蔵・中川宇右衛門らは、恭順論をとり、藩が苦境に陥ったのは藩庁の政治のせいだとして、周布ら3名（主戦派）の罷免を訴えた。 その結果、9月1日、周布ら3名は罷免されたが、これに激怒した奇兵隊総督高杉らが武力行使を示唆して猛反発したため、形勢は一転した。 9日、周布らは返り咲き、10日、高杉も政務役に任命された。逆に、椋梨・中川・三宅らには、27日、隠居や遠島重鎮が命じられた。さらに、藩政に反対することが多いとして羽島に流罪されていた保守派の重鎮坪井にも死罪が言い渡され、11月9日に処刑された（妻子が羽島訪問したことを「結党強訴」の罪に問われた）。

■薩摩船襲撃事件（長崎丸砲撃事件、加徳丸焼き打ち事件）、薩摩藩との関係さらに悪化
意気盛んな奇兵隊は、１2月24日、下関を航行中の薩摩船長崎丸（幕府から借用中）を砲撃・沈没させた。驚いた藩庁は、薩摩藩に使者を派遣して謝罪し、外国船と誤ったとして、収拾をはかり、なんとか全面対決を回避した（こちら）。ところが、翌元治1年2月12日、今度は義勇隊が、上関において、薩摩藩御用船（加徳丸）を焼き打ちし、船主大谷仲之進を殺害した。殺害犯とされる軽輩の義勇隊士2名は脱藩の上、26日、大坂で大谷を梟首し、薩摩の密貿易への義憤によりやったという斬奸状を残して自決した。藩に類が及ばぬよう罪を被れと久坂ら尊攘急進派有力者に強要されて死んだともいう（こちら）。両事件は、薩摩藩士を激昂させ、同藩の長州藩に対する不信と憎悪を増幅させた。